在不久以前，人类文明在宇宙不断的扩张，遥不可及的星际殖民己是常态。
在不断的开采地球资源的过程中，发现了一种不同于地表生态的植物，其巨大的躯体在绽放后会释放某种孢子，侵入生物体内在一定的潜伏期后会诞生一种可以吸取和存储生物能量的花朵，此花朵被命名为玛娜之花。
催生它的巨型植物则被称为地蔓藤，人类发掘这类植物会带来不可想象的利益。
七名尖端科学家借此成立的nirvana，也就是一切的源头涅槃生物公司。
此公司试图以玛娜之花为基础，研究其存储能量的特性，让人类也获得类似的存储释放能力，并以此延长寿命，最终在结合世界上所有动植物基因后有了突破性进展。
他们将研制出的胚胎注入人类子宫，以自然繁育的方式诞生了与地球生物可以完美适配的第一代器官容器马克。
他的身体具有融合所有生物的特性，能够吞噬任何物种，也能够为其提供器官供给。
涅槃生物公司借此推出无免疫系统版本，并不断的将其克隆，收获巨大的利益。
同时在地蔓藤的挖掘地点久川市，开采人员在地下的更深处发现了未知巨型生物。
经过研究，埋藏于地下无数年的史前巨兽细胞依然具有活性，并与地蔓藤有某种共生关系。
久川市市长白靖宇介入研究，将具有活性的生物大脑与机械相结合，研制出了第一代ASH脑机结合体全球大脑。
其卓越的性能与远超普通计算机的运算能力，让AI法案提上日程并通过，全球大脑ASH开始全面接轨公共安全系统，空中监狱也被涵盖其中。
在此之后，白靖宇与涅槃生物公司合作，在器官容器的基础上，结合玛娜研制出了超越人类寿命的全新物种，并赋予了ASH之名，全称如下，人类的高级物种，简称ASH进化人类ASH之父白靖宇随即向全球公民表示，无论是现实还是网络，ASH永远都是最强大的守护者。
涅槃生物公司也以进化人类为基础，将其弱化，降低风险，研制出了量产性药物，如二号基因枷锁开启剂、去化因子、五基因突变剂等，用于强化人类军队。
借着ASH之名，全世界掀起了热潮，ASH国际网球大赛、ASH泳装比赛和带有ASH名称的各种店面火爆全球。
但伴随ASH全世界都出现了不明生物，疑似和地蔓藤有关。
各国也在此之上，与涅槃生物公司合作深度研究地蔓藤与玛娜之花，具有人类特征的现代世界树雏形编号09就此诞生。
在ASH脑机结合体的掌控下，人类隐私不复存在，少数人开始反对ASH大脑对人类世界的干涉，再加上量产强化药物，导致进化人类的泛滥。
一些人利用改造能力释放催眠信息素来诱导普通人类强化其自身，让人不知不觉地被吸收生命源质首到死亡。
这类极度危险的进化人类与损害国家利益的领导人、尖端武器科学家等被一同收监至灯塔前身塔尔塔洛斯，并专门设下代号称为催眠大师。
同时，远在月球的殖民者过度开发月球资源，导致月相异动，世界环境变得极其恶劣。
天气控制和改造系统提上日程，为了避免环境进一步恶化，开始进行人工岛屿、地下都市的建造，各类杂志也对其进行讲解。
但资源的开发让更多地蔓藤涌现，使得地表成为了玛娜生态的滋养地。
更多地蔓藤从地表破土而出，让原本恶劣的地表环境变得更加糟糕，其散发的孢子也催生出了无数味植物。
根据地蔓藤的分布范围不同，全世界对转变严重地区设立隔离区，并开始贩卖新鲜空气，世界开始向玛娜生态系统进行不可逆的缓慢转变。
在一段时间的艰难求生后，部分上层人类认为地球己无法生存，开始倾尽全部资源制造星际飞船。
为了避免普通人暴动，他们开放了部分船票，但对于人类整体来说微乎其微，再加上赚黑心钱的黄牛贩子，使平民百姓的财力，根本无法支撑星际旅行，大量人类被抛弃。
暴动开始，许多星际飞船在还未飞出地球时就被击毁，部分空中避难所也被毁坏，世界陷入无政府状态。
但部分飞船离开地球也让一些地面人丧失理智，开始向全世界投放生化武器。
这种无差别的攻击进一步压缩了人类的生存空间，普通人为了活命，将希望放在净化人类的源头涅槃生物公司寻求帮助，可惜公司作为最初的玛娜研究地点之一，早己沦陷。
存放在仓库的玛娜之花在这种环境下催生出了息壤，侵入大量搬运机器人进攻一切活着的生物，涅槃生物工程己彻底成为地狱。
同时，由月相异动所引起的灾难进一步恶化，玛娜也愈发活跃，无数地蔓藤冲天而起，导致了长达数十年的板块位移。
这些巨型植物开始绽放为花朵，释放的孢子导致地表和各大城市楼全部长出了不明菌类物体，加速了玛娜生态的转变。
旧世界的黑客自知无法在这种环境下存活，便将一些隐秘的信息存入机器人芯片，留给后世发现。
而一位白发女子带着一个婴儿，靠着远超人类的实力在末世艰难生存。
玛娜生态的进化让原本神秘的未知生物浮出水面，这些带有动物特征的物种在地蔓藤附近最为泛滥。
这些怪物外表结合了动植物，造型诡异，靠着信息器官吸取生物的能量为生。
在吸取达到一定量后会将能量交由玛娜之花寻求进化，也有些会首接用于自身蜕变。
但无论哪种，一个完美符合马纳生态的全新物种即将诞生。
大量普通人在这场浩劫中死亡，但一所监狱依靠克洛托系统的帮助，躲过了暴民的袭击，又避开了玛娜生态的蔓延，在空中侥幸存活。
作为仅存人类聚集地之一，塔尔塔洛斯更名灯塔，人类最后的家园诞生。
而在灯塔年，地表出现了一种带有人类特征的生物，不同于最初的未知怪物，这些新物种似乎越高级别越像人，他们被灯塔称为噬极兽。
灯塔11年，由摩根作为队长的猎荒者成立，并与一位白发进化人类共享武器装备，保持良好的合作关系。
在灯塔12年，猎荒者在地面搜集物资时被世界兽袭击，造成毁灭性打击，白发进化人类身穿生物甲出现，救下了猎荒者小队。
摩根邀请白发女前往灯塔一聚，并从她口中得知了地面人类为了生存寻求了新的方向，那就是融入玛娜，利用生态完善自身原质，并接受玛娜的存在。
摩根无法接受他所认可的人类与地面人类大不相同，在他心里甚至觉得进化人类白发女根本不是人，以意识融入玛娜并依附于马娜。
这种生存方式就像一个赌注，让摩根惧怕，因为一旦失败，灯塔将不复存在。
双方没有达成一致，白发女离开灯塔，但留下了生物铠甲。
随后，由摩根主导的临渊者计划正式开启，可惜实验结果不尽人意，普通灯塔战士无法适应生物铠甲，会突变而死。
临渊者计划暂时搁浅，初代城主向克洛特系统寻求帮助，得到了一个坐标。
最终一名男性婴儿出现在了灯塔，取名马克。
灵笼的故事也在此正式开启。
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